El significado de una obra tan compleja como es Cómo se hace una novela se revela sobre todo en su estructura o, mejor, en su falta de estructura.
El argumento de la supuesta novela que Unamuno imagina en el interior de Cómo se hace una novela es la historia de la angustia de un hombre, U. Jugo, provocada por el terrible descubrimiento de la llegada de una muerte ineludible en la historia o fuera de la historia. Pero el relato de Jugo se ve constantemente interrumpido por numerosos excursos
del autor que ocupan mucho más espacio que la historia propiamente novelesca. En realidad, los asuntos tratados por Unamuno en esta obra son aquellos que le obsesionaron a lo largo de su vida: el pasado, el presente y el futuro de España y las lamentables circunstancias políticas que le condujeron al destierro; la eternidad y el tiempo; la inmortalidad; la persona y el personaje, el otro; la relación entre novela e historia, ficción y realidad, vida y novela, sustancia y forma. Ir haciendo una novela sin plan ni concierto previo, a lo que salga, en expresión del propio autor,
que funcione como metáfora de ir haciéndose una vida, es la idea principal que encierran sus páginas.