En la actualidad, la microbiología del suelo ha tomado gran relevancia debido a su aplicación en el proceso agrícola.

Por sus aportaciones en relación con la disponibilidad de nutrientes para el crecimiento de las plantas, habilidades debidas a la capacidad de la degradación de la materia orgánica, la solubilización de las rocas y sustancias que promuevan el desarrollo de las plantas, así como la simbiosis ya sea entre bacterias y vegetal o entre hongos y tlanta, simbiosis que en algunos casos se vuelve obligada para ambos organismos.

En toda esta actividad participan hongos, bacterias, micro y macrofauna, elementos de control biológico, así como organismos biorremediadores del ambiente.